Im September 1886 als "Herzogliches Landgericht", "Herzogliches Amtsgericht" und "Gerichtsgefängnis" eingeweiht war die Justizvollzugsanstalt Dessau die zweitälteste JVA in Sachsen/Anhalt.
1910 - 1912 kam es wegen Platzmangels zu einem Erweiterungsbau, dem neuen Sitz des Finanzgerichts.
Am 7. März 1945 wurde das Gebäude bei einem der schwersten Bombenangriffe auf Dessau zerstört. Alle Akten fielen dem Feuer zum Opfer. Erst fünf Jahre später begann der Wiederaufbau.
In der bewegten Historie war es unter anderem Gerichtsstandort, Sitz der russischen Militärregierung und Jugendstrafanstalt.
Seit 1991 sind ausschließlich Männer als Untersuchungsgefangene oder Verurteilte inhaftiert.
Der Gebäudekomplex steht seit einigen Jahren leer. Angedacht ist der Umbau zum Abschiebegefängnis.